De basisstructuur van VVMV vzw is deze van een VZW. De grote kracht van VVMV vzw zijn echter de werkgroepen, die specifieke thema's uitspitten of uitwerken.

Minstens eenmaal per jaar vindt de algemene vergadering plaats. Alle wettelijke verplichtingen worden hier besproken. Telkens wanneer het vereist is, zal er een speciale algemene vergadering plaatsvinden.

Het bestuursorgaan van VVMV vzw komt minstens 4 keer per jaar bij elkaar, 1 maal per trimester. het bestuursorgaan neemt alle noodzakelijke beslissingen voor de goede werking van VVMV vzw. Ieder effectief lid, m.a.w. iedere vliegclub heeft zijn stem op dit bestuursorgaan. Tijdens iedere vergadering van het bestuursorgaan rapporteert het dagelijks bestuur over de werking van de vereniging. Vanzelfsprekend komt het bestuursorgaan bij elkaar op ieder moment wanneer er dringende beslissingen dienen genomen te worden.

Het dagelijks bestuur dat de opdrachten van de bestuursorgaan uitvoert, komt op regelmatige basis bij elkaar. Tevens geeft het dagelijks bestuur leiding aan de verschillende werkgroepen die actief zijn met bepaalde onderwerpen die van belang zijn voor de vliegclubs en haar piloten.

Iedere werkgroep heeft een welbepaald werkingsdomein, bv vliegsport, omgeving, onderwijs & wetenschap, mobiliteit, enz. Deze werkgroepen onderhouden eveneens relaties met de verschillende Vlaamse ministeries waar van toepassing. VVMV vzw streeft ernaar om zoveel mogelijk piloten vanuit de verschillende vliegclubs actief te laten deelnemen in deze werkgroepen. Dank zij het uitwisselen van ervaring, nieuwe sociale contacten en het delen van verzamelde kennis ten behoeve van de vliegclubs en haar piloten, vormen deze werkgroepen de drijvende krachten binnen VVMV vzw.